好不容易聚在一起的克隆人姐妹面臨新的威脅。正當Sarah和同伴們開始拼湊陰暗的Dyad研究所背后的復雜陰謀時，她們發現了“Castor計劃”。這是一個絕密軍事項目，正在制造訓練有素的男性克隆人。在無情的Coady 博士的監視下，“Castor計劃”的克隆人每一個都是專注且致命的士兵。但是，是誰創造了他們，更重要的是，為什么目的而創造？ Sarah的烏克蘭雙胞胎Helena在Castor牢房中苦苦掙扎，感覺自己被剛剛和解的家人拋棄。與此同時，Alison開始了一項利潤豐厚但卻險惡的新業務，而Cosima發現了合成序列的關鍵，可以讓所有人都得救……