人類殖民星球遭到外星人庫克托尼亞人的襲擊，守護駐軍被消滅，留下 13 名兒童。故事講述他們乘坐地球軍事訓練艦“Janus”號，與使用名為“Roundburnians”的人形武器的外星人作戰，以拯救被外星人俘虜的家人和朋友。故事根據儒勒·凡爾納的小說《兩年假期》（男生稱之為“兩年假期”）改編。宇宙版《少年的假期》的構思是在《機動戰士高達》的企劃過程中產生的，但隨著《高達》走向了不同的方向，本作是以此為主題的新動畫，因此富野由悠季的名字被冠以“原作作者”之名。