浩瀚的太空，飛行員約翰突遇意外事件，被宇航船拋出，陷入一個奇異的星際軌道。他穿梭1000個星系到達了一個神秘的星球，那里漂浮著地球傳說中遙遠的“摩亞方舟”飛船，飛船里有來自不同星球的成員，他們都是無家可歸的人。約翰決定加入他們，并帶領大家尋找地球道路但他們不曾料到，眾多 的外星人和外星生物早已對地球航線虎視耽耽。

在飛行過程中，“摩亞”遇到了“和平衛士”的追擊，雙方數次激戰，在一次混戰中，“和平衛士”首腦克瑞斯痛失弟弟，發誓要用盡一切手段將“摩亞”摧毀變成一屢輕煙與此同時，“摩亞”水晶能量器忽然失蹤，約翰斷定是內奸所為，決定展開鋤奸行動......經過多次交鋒，“摩亞”粉碎了克瑞斯陰謀，逃出生天。

因核反應堆動力裝置破裂。 “摩亞”降落在西卡行星上進行緊急維修。無意中，約翰發現了飛船上隱匿已久的危機和一個重大的陰謀......

約翰經過一次次戰斗的洗禮，逐漸成為一個真正的領袖，而“摩亞”也慢慢聚集了巨大的能量，擊退了外星戰艦的數次圍攻，“摩亞”戰士們一步步向地球前進......約翰終于找到了回地球的航線，并成功降落到地球，然而，此時的地球已不再是他們心目中理想的家園......