第三季故事開始于第二獨立團抵達查爾斯頓七個月后。在此期間，查爾斯頓被指定為「新美利堅合眾國」的首都，Tom Mason被推選為政治領袖（相當于總統）。但他大多數時間不是待在辦公室里處理政務，還是率領軍隊頑強抵抗外星入侵者的一次次進攻。與前任Manchester博士比起來，Tom在對待外星人的態度上更具侵略性也更主動。查爾斯頓政府與起義的「突擊者」形成了不太牢靠的聯盟關系，Tom讓「突擊者」起義軍留在查爾斯頓與人類并肩作戰，但這引發了一些人類的不滿，兩個種族的關系持續緊張。「突擊者」起義軍在戰斗前總是將臉上涂滿紅黃相間的條紋，以紀念在第二季結尾英勇犧牲的領袖「紅眼」。Tom的兒子Ben現在是查爾斯頓政府與「突擊者」起義軍之間的聯絡人。無論人類還是「突擊者」都明白，他們即便聯手也很難打敗強大的敵人——此前被第二獨立團戲稱為「魚頭」的外星種族Espheni。雖然他們的君王已死，但另一個更強大、更邪惡的君王剛剛繼承了統治權。更糟糕的是，一個全新的外星種族在雙方激戰正酣時抵達地球并迅速投身戰場。